在嬰兒時期， 增加好菌對於維持健康的消化和免疫系統的發展至關重要。當腸道含有足夠的好菌時，就能降低害菌引起疾病的機率。

其實， 嬰兒在未出生前腸道中不含任何細菌。在分娩的時候，嬰兒會得到來自母親的“第一批”腸道菌群。分娩的過程能讓原來無菌的腸道開始含有菌群。因此，對於懷孕的女性， 維持正常的腸道菌群是非常重要的，因為這些好菌即將使被“傳遞”給嬰兒。

出生後，嬰兒的腸道菌群會受到飲食（母乳或配方奶粉），環境和藥物如抗生素的影響。實際上，喝配方奶粉的嬰兒及喝母乳的嬰兒， 他們的腸道菌群非常不同。母乳喂養的嬰兒往往從他們的母親獲得更多的好菌，這些好菌能保持他們整體健康，而配方奶粉餵養的嬰兒的腸道較容易有病原細菌。即使只是喝一次配方奶粉， 平常喝母乳的嬰兒腸道菌群的平衡都會受到影響，並可能需要幾個星期才能恢復平衡。事實上，喝配方奶粉，曾服用抗生素，通過剖腹產的嬰兒以及患有消化問題例如絞痛，腹瀉，便秘和乳糖不耐症的嬰兒被認為和不平衡腸道的菌群有關係。