在婴儿时期， 增加好菌对于维持健康的消化和免疫系统的发展至关重要。当肠道含有足够的好菌时，就能降低害菌引起疾病的机率。

其实， 婴儿在未出生前肠道中不含任何细菌。在分娩的时候，婴儿会得到来自母亲的“第一批”肠道菌群。分娩的过程能让原来无菌的肠道开始含有菌群。因此，对于怀孕的女性， 维持正常的肠道菌群是非常重要的，因为这些好菌即将使被“传递”给婴儿。

出生后，婴儿的肠道菌群会受到饮食（母乳或配方奶粉），环境和药物如抗生素的影响。实际上，喝配方奶粉的婴儿及喝母乳的婴儿， 他们的肠道菌群非常不同。母乳喂养的婴儿往往从他们的母亲获得更多的好菌，这些好菌能保持他们整体健康，而配方奶粉喂养的婴儿的肠道较容易有病原细菌。即使只是喝一次配方奶粉， 平常喝母乳的婴儿肠道菌群的平衡都会受到影响，并可能需要几个星期才能恢复平衡。事实上，喝配方奶粉，曾服用抗生素，通过剖腹产的婴儿以及患有消化问题例如绞痛，腹泻，便秘和乳糖不耐症的婴儿被认为和不平衡肠道的菌群有关系。